L'origine de l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem remonte au 14 juillet 1099, dans l'établissement des marchands amalfitains à Jérusalem et la création d'hôpitaux, d'abord à Jérusalem, puis en Terre sainte, d'où son nom d'ordre des « Hospitaliers ». À la suite de donations, il va posséder des établissements, prieurés et commanderies dans toute l'Europe catholique. À l'instar des Templiers (Ordre créé ultérieurement, en 1139), il assume rapidement une fonction militaire pour défendre les pèlerins qu'il accueille sur les chemins de Jérusalem, puis pour combattre les Sarrasins aux côtés des Francs de Terre sainte.

Après l'expulsion des Croisés de Terre sainte (1291) et de Saint Jean d'Acre, l'Ordre s'installe à Chypre avant de conquérir l'île de Rhodes (1310) et de devenir une puissance maritime pour continuer à être le rempart de la chrétienté contre les Sarrasins. À la suite de la disparition de l'ordre du Temple en 1314, les Hospitaliers reçoivent les biens des Templiers, ce qui fait d'eux l'ordre le plus puissant de la chrétienté.

Expulsé de Rhodes en 1523 par la conquête turque, l'Ordre s'installe à Malte en 1530, dont il est considéré comme le souverain par décision de Charles Quint. Avec sa flotte maritime de guerre, l'Ordre se transforme en une puissance politique qui prend de plus en plus d'importance en Méditerranée centrale jusqu'à la bataille de Lépante (1571) et jusqu'aux premiers traités des royaumes d'Europe avec les Ottomans. Après quoi il se consacre surtout à des opérations de guerre de course et transforme Malte en magasins d'échanges du commerce méditerranéen avec une quarantaine reconnue dans tous les ports de Méditerranée.

En France, la Révolution va bouleverser un équilibre fragile : l'Ordre sert au commerce français et doit donc être préservé pour cela. Il est d'abord considéré comme une puissance étrangère au sens de l'article 17 du décret de confiscation des biens du clergé et des ordres religieux des 23 et 28 octobre 1790. Le 19 septembre 1792, la Législative décréta l'urgence, l'avant-dernier jour de la session avant la Convention nationale et la veille de Valmy, c'est le décret de Vincens-Plauchut, qui décide de la mise sous séquestre et la vente de tous les biens de l'Ordre.

En 1798, Bonaparte sur la route de l'Égypte, prend Malte et expulse le grand maître et les Hospitaliers de l'archipel maltais au nom de la République française. un grand nombre de chevaliers trouvent la protection auprès de Paul I^er de Russie à Saint-Pétersbourg où ils élisent le tzar comme grand maître en 1798.

Mais avec l'abdication du grand-maître Ferdinand de Hompesch en 1799 et la mort de Paul I^er en 1801, s'ouvre pour l'Ordre une période sombre qui verra une survivance en diverses branches relativement indépendantes.